Ngày 29/8/2025, Chính phủ đã ban hành Nghị quyết số 259/NQ-CP về việc trình Quốc hội xin ý kiến về xử lý số nợ tiền thuê đất của đơn vị sự nghiệp công lập. Tại dự thảo Tờ trình, Chính phủ xin ý kiến Quốc hội và đề xuất hình thức xử lý tiền thuê đất, tiền chậm nộp của đơn vị sự nghiệp công lập thuộc đối tượng phải chuyển sang thuê đất, được miễn tiền thuê đất theo quy định của Luật Đất đai năm 2013 nhưng chưa chuyển sang thuê đất theo quy định tại khoản 3 Điều 30, khoản 4 Điều 118 Luật Đất đai năm 2024 và khoản 3 Điều 51 Nghị định số 103/2024/NĐ-CP ngày 30/7/2024 của Chính phủ quy định về tiền sử dụng đất, tiền thuê đất.

NHIỀU VƯỚNG MẮC VỀ NỘP TIỀN THUÊ ĐẤT

Cụ thể, đối với trường hợp các đơn vị sự nghiệp thuộc đối tượng phải chuyển sang thuê đất và được miễn tiền thuê đất theo quy định của Luật Đất đai năm 2013 nhưng chưa chuyển sang thuê đất hoặc đã chuyển sang thuê đất nhưng chưa hoặc chậm làm thủ tục để được miễn tiền thuê đất và cơ quan thuế chưa ban hành thông báo nộp tiền thuê đất thì nay theo quy định tại khoản 3 Điều 51 Nghị định số 103/2024/NĐ-CP ngày 30/7/2024 của Chính phủ sẽ không phải nộp tiền thuê đất đối với thời gian chưa hoặc chậm làm thủ tục để được miễn tiền thuê đất theo quy định trước ngày Luật Đất đai năm 2024 có hiệu lực thi hành.

Đối với trường hợp cơ quan thuế đã ban hành thông báo nộp tiền thuê đất và tiền chậm nộp tiền thuê đất mà đơn vị sự nghiệp công lập chưa nộp hoặc chưa nộp đủ theo thông báo, theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và Nghị quyết của Quốc hội về khoanh nợ tiền thuế không điều chỉnh đối với khoản nợ tiền thuê đất của các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc đối tượng phải chuyển sang thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai năm 2013 được miễn tiền thuê đất nhưng chưa hoặc chậm làm hồ sơ miễn và cơ quan thuế đã ra thông báo nộp tiền thuê đất. Ngoài ra, theo quy định của pháp luật đất đai năm 2013 thì các đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính sử dụng đất để xây dựng công trình sự nghiệp phải chuyển sang thuê đất kể từ ngày Luật Đất đai năm 2013 có hiệu lực thi hành (01/7/2014) và các đơn vị phải làm thủ tục để được miễn tiền thuê đất cho cả thời hạn thuê đối với diện tích đất để xây dựng công trình sự nghiệp.

Tuy nhiên, qua tổng hợp báo cáo của các Bộ, ngành và địa phương thì do các nguyên nhân chủ quan, khách quan khác nhau, thực tế có các đơn vị sự nghiệp công lập chậm làm thủ tục chuyển từ hình thức Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất sang thuê đất (một số trường hợp được giao tự chủ sau ngày 01/7/2014 và phải sắp xếp lại bộ máy, ổn định hoạt động khi chuyển sang cơ chế tự chủ tài chính; Hợp đồng thuê đất triển khai chậm, kéo dài… dẫn đến không đủ hồ sơ theo quy định nên chậm nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất); bên cạnh một số đơn vị đã chủ động nộp hồ sơ đề nghị miễn tiền thuê đất theo quy định ngay sau khi có quyết định chuyển hình thức sang thuê đất thì cũng có những đơn vị chưa thực hiện thủ tục miễn, giảm tiền thuê đất.

Ngoài ra, theo quy định tại khoản 6 Điều 18 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ thì người thuê đất, thuê mặt nước chỉ được hưởng ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước sau khi làm các thủ tục để được miễn, giảm theo quy định. Do vậy, các đơn vị này chỉ được miễn tiền thuê đất cho thời gian còn lại (từ ngày ban hành quyết định cho thuê đất đến hết thời gian thuê hoặc từ ngày làm thủ tục để miễn, giảm tiền thuê đất) mà không được miễn tiền thuê đất đối với khoảng thời gian từ ngày ban hành quyết định giao tự chủ đến ngày ban hành quyết định cho thuê đất hoặc ngày làm thủ tục miễn tiền thuê đất dẫn đến phát sinh khoản truy thu hoặc tính lại tiền thuê đất giai đoạn trước khi có Quyết định cho thuê đất do không được miễn tiền thuê đất theo quy định do đã hết thời gian nộp hồ sơ đề nghị miễn tiền thuê đất.

Đồng thời, trong các văn bản hướng dẫn của pháp luật về giao quyền tự chủ về tài chính cho các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc các lĩnh vực không có nội dung chi phí tiền thuê đất nên khi xây dựng và phê duyệt phương án tự chủ tài chính của các đơn vị sự nghiệp công lập chưa tính chi phí tiền thuê đất trong giá dịch vụ, các đơn vị sự nghiệp công lập được thành lập và hoạt động chủ yếu để cung cấp những dịch vụ sự nghiệp công thiết yếu, liên quan trực tiếp đến cuộc sống hàng ngày của người dân và hoạt động của các tổ chức trong xã hội (như bệnh viện, cảng cá, du lịch sông nước...); một số đơn vị sự nghiệp thực hiện nhiệm vụ chủ yếu về đo đạc, khảo sát, quan trắc, lấy mẫu... phục vụ công tác điều tra cơ bản về tài nguyên và môi trường, xúc tiến thương mại nông nghiệp nên không có nguồn thu để chi trả tiền thuê đất.

ĐỀ XUẤT ÁP DỤNG NHƯ TRƯỜNG HỢP XOÁ NỢ TIỀN THUÊ ĐẤT VỀ QUẢN LÝ THUẾ

Từ cơ sở trên, việc chậm làm thủ tục chuyển từ hình thức Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất sang thuê đất, dẫn đến việc truy thu tiền thuê đất của các đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính, làm ảnh hưởng đến việc thực hiện chính sách miễn tiền thuê đất của các đơn vị. Số tiền truy thu đã làm các đơn vị sự nghiệp thay đổi mức độ tự chủ tài chính, không có khả năng nộp tiền vào ngân sách dẫn đến nợ tiền thuê đất và tiền chậm nộp, cũng gây khó khăn cho cơ quan thuế trong công tác thu hồi nợ, giảm nợ vì đây là phần nợ không có khả năng thu; trường hợp bắt buộc phải nộp thì ngân sách nhà nước cũng phải cân đối, bố trí vào dự toán ngân sách của những năm tiếp theo để các đơn vị có nguồn trả tiền thuê đất còn nợ theo thông báo của cơ quan thuế nhưng việc này cũng khó khả thi.

Do đó, một số Bộ, ngành và địa phương đề xuất việc xem xét xử lý số tiền thuê đất mà các đơn vị sự nghiệp công lập còn nợ đọng phải nộp (bao gồm cả tiền chậm nộp tiền thuê đất) để tạo điều kiện cho các đơn vị này được xóa nợ và yên tâm hoạt động; đồng thời, giảm gánh nặng cho cơ quan thuế trong việc theo dõi và đôn đốc thu nợ đọng tiền thuê đất đối với trường hợp này.

Căn cứ vào quy định của pháp luật nêu trên và từ vướng mắc thực tế về nộp tiền thuê đất của các đơn vị sự nghiệp công lập, Chính phủ trình xin Quốc hội cho phép xử lý đối với số nợ tiền thuê đất của các đơn vị sự nghiệp công lập (thuộc đối tượng phải chuyển sang thuê đất và được miễn tiền thuê đất theo quy định của Luật Đất đai năm 2013 nhưng do chưa hoặc chậm nộp hồ sơ miễn tiền thuê đất và cơ quan thuế đã ra thông báo nộp tiền thuê đất nhưng chưa nộp hoặc chưa nộp đủ) theo hình thức áp dụng như trường hợp xóa nợ tiền thuê đất quy định tại pháp luật về quản lý thuế; thủ tục, quy trình thực hiện xóa nợ tiền thuê đất đối với đơn vị sự nghiệp công lập được thực hiện như xóa nợ tiền thuế quy định tại pháp luật về quản lý thuế (cơ quan thuế gỡ khoản thu này trên hệ thống tabmis theo dõi thu thuế).

Chính phủ cũng kiến nghị Quốc hội xem xét, xử lý đối với số nợ tiền thuê đất và tiền chậm nộp còn phải nộp của các đơn vị sự nghiệp công lập (thuộc đối tượng phải chuyển sang thuê đất và được miễn tiền thuê đất theo quy định của Luật Đất đai năm 2013) và đưa nội dung này vào Nghị quyết chung của kỳ họp Quốc hội; sau khi được Quốc hội đồng ý về mặt chủ trương thì Chính phủ sẽ làm các quy trình, thủ tục có liên quan để báo cáo cấp có thẩm quyền đưa nội dung nêu trên vào Nghị quyết chung của kỳ họp Quốc hội.